O projektu

Divlja svinja (Sus scrofa) jedna je od ekološki najznačajnijih i gospodarski najvažnijih divljih vrsta u Europi, uključujući i Hrvatsku. U posljednjim desetljećima zabilježen je porast njezine brojnosti i rasprostranjenosti, često u kontekstu fragmentiranih staništa i povećanog ljudskog utjecaja. Istovremeno, raste zabrinutost zbog moguće hibridizacije s domaćom svinjom, što može ugroziti genetski integritet prirodnih populacija. Usprkos toj važnosti, genetska struktura, raznolikost i dinamika hrvatskih populacija divlje svinje nisu sustavno istraženi korištenjem suvremenih genomsko-populacijskih pristupa.

Projekt GENSUS (GENetic diversity, hybridisation, and population structure of wild boar (SUS Scrofa) in Croatia) ima za cilj generirati visokorezolucijske podatke o genetskoj varijabilnosti i strukturi populacija divlje svinje u Hrvatskoj korištenjem SNP genotipizacije i cjelogenomskog sekvenciranja. Planira se uzorkovanje iz različitih regija (Slavonija, Baranja, središnja Hrvatska, Istra, Gorski kotar, Lika, Dalmacija, otoci) kako bi se pokrila geografska i ekološka raznolikost. Analize će uključivati standardne metode populacijske genetike (PCA, ADMIXTURE, He, FROH, FST, NeLD, Gene flow), detekciju hibridizacije i procjenu krajobraznih utjecaja pomoću GIS alata.

Poseban fokus bit će stavljen na identifikaciju populacijskih klastera, procjenu međupopulacijskog protoka gena te otkrivanje potencijalnih barijera povezivosti. Očekuje se da će rezultati otkriti obrazac genetske strukture divlje svinje u Hrvatskoj, kao i moguće zone kontakta ili prijelaza između autohtonih i hibridiziranih jedinki.

Dobiveni podaci osigurat će znanstvenu podlogu za razvoj strategija očuvanja genetske raznolikosti i dugoročnog gospodarenja vrstom, u skladu s principima očuvanja bioraznolikosti i adaptivne otpornosti populacija u promjenjivom okolišu.

Ciljevi projekta

  1. Uzorkovati reprezentativan broj jedinki divlje svinje iz različitih regija Hrvatske, pokrivajući geografske i ekološke varijacije relevantne za populacijsku povezanost i moguću strukturu, uz istovremeno spremanje uzoraka i uspostavu genske banke.
  2. Procijeniti razinu unutar- i međupopulacijske genetske raznolikosti, uključujući heterozigotnost, alelnu raznolikost i koeficijente genomskog inbridinga.
  3. Analizirati populacijsku strukturu i prostornu distribuciju genetskih klastera pomoću metoda poput PCA, STRUCTURE/ADMIXTURE i IBD analize.
  4. Detektirati i kvantificirati potencijalnu hibridizaciju s domaćim svinjama pomoću referentnog genoma i statističkih modela za analizu ADMIXTURE uzoraka.
  5. Istražiti utjecaj krajobraznih i antropogenih čimbenika na genetsku strukturu populacija korištenjem krajobrazne genomike i GIS alata.
  6. Integrirati dobivene podatke u preporuke za upravljanje i očuvanje populacija divlje svinje u Hrvatskoj, s naglaskom na očuvanje genetskog integriteta i regionalne raznolikosti.

Faze provedbe projekta

Projekt GENSUS sastoji se od nekoliko međusobno povezanih faza koje kombiniraju terenski rad, populacijsku genetiku, bioinformatičku obradu i prostornu analizu. Cilj metodologije je dobiti visoko-rezolucijske podatke o genetskoj raznolikosti, strukturi i obrascima genetske izmiješanosti populacija divlje svinje u Hrvatskoj.

  1. Planiranje i uzorkovanje
  2. Izolacija DNK i procjena kvalitete
  3. SNP genotipizacija i cjelogenomsko sekvenciranje (WGS)
  4. Bioinformatička obrada i analiza genetskih podataka
  5. Krajobrazna genomika i prostorna analiza
  6. Statistička integracija i vizualizacija rezultata

Vrijednost projekta

104.000,00 EUR

Znanstveni doprinos

1. Uspostava genetske baze podataka i banke gena divlje svinje u Hrvatskoj

  • Pokazatelji: približno 200 genotipiziranih jedinki (SNP panel i WGS); podatkovna baza s informacijama o lokaciji, spolu, dobi i geografsko-ekološkom porijeklu
  • Poveznica s ciljevima: doprinos cilju sustavne karakterizacije genetske strukture i raznolikosti divlje svinje
  • Programski doprinos: stvaranje trajne istraživačke infrastrukture.

2. Identifikacija genetskih klastera i analiza prostorne strukture populacija

  • Pokazatelji: izrađene PCA i ADMIXTURE/STRUCTURE analize; FST vrijednosti između regija; genomski inbriding (FROH), efektivna veličina populacije (NeLD), GIS karte s genetskom strukturom populacija.
  • Poveznica s radnim paketima: WP2 – Analiza populacijske strukture; WP3 – Krajobrazna genetika.
  • Programski doprinos: novo znanje o genetskoj raznolikosti i povezivosti populacija u kontekstu biološke raznolikosti.

3. Detekcija hibridnih jedinki i razina introgresije domaće svinje

  • Pokazatelji: udio hibrida u populacijama izražen u %; broj jedinki s dokazanim udjelom >10% domaćih alela; broj lokusa pod selekcijom.
  • Poveznica s ciljevima: procjena prijetnje genetskog onečišćenja.
  • Programski doprinos: temelj za preporuke u očuvanju autohtonih genotipova.

4. Znanstvene publikacije i diseminacija rezultata

  • Pokazatelji: najmanje 4 znanstvena rada citirana u WoS bazi; 4 konferencijska izlaganja.
  • Poveznica s WP5 – Diseminacija i WP1 – Upravljanje projektom
  • Programski doprinos: vidljivost hrvatske znanosti u međunarodnom kontekstu.

5. Uključivanje mladih istraživača

  • Pokazatelji: minimalno dva uključena mlada istraživača; mentorstvo; sudjelovanje u objavama.
  • Poveznica s ciljevima projekta i WP1 – Prikupljanje uzoraka i edukacija kadra
  • Programski doprinos: jačanje ljudskih kapaciteta u području molekularne ekologije.

6. Preporuke za upravljanje populacijama divlje svinje

  • Pokazatelji: izrađen stručni dokument/preporuke; broj distribucija dokumenta upravljačkim tijelima (npr. Ministarstvu, HLS-u).
  • Poveznica s WP4 – Hibridizacija i očuvanje
Proudly powered by WordPress